Januarja 2002 je izvršni odbor NZS vodenje lige predal vodenje lige Združenju prvoligašev. Sezono
2002/03 pa je zaznamoval tudi odvzem točk Ljubljani in Korotanu. Prva je bila ob tri točke, ker v 32. krogu ni nastopila na tekmi v Kopru. Drugi pa ni nastopil na dveh tekmah in je bil izključen iz lige. Na lestvici so se upoštevali samo izidi, ki jih je ekipa s Prevalj dosegla v prvih enajstih krogih sezone.
Sezono
2003/04 lahko štejemo kot eno najbolj zanimivih. V zadnjem krogu so imele možnosti za naslov kar tri ekipe: Gorica, Maribor in Olimpija. Prvak je postala Gorica in drugič v zgodovini postale najboljše moštvo v državi. Prvenstvo je morda odločil dogodek iz petega kroga, ko je na tekmi med Olimpijo in Gorico za prvo ekipo nastopil Boštjan Kreft, ki ga ni bilo v zapisniku. Tekma se je končala z izidom 0:0, naknadno je bila zmaga (0:3) za zeleno mizo dodeljena Goričanom. Gorica je bila prvak še v naslednjih dveh sezonah in se po številu naslovov (4) na drugem mestu lestvice izenačili z Olimpijo.
Domača stran:
N.K. MIK CMC Celje
N.K. Rudar Velenje
N.K. Nafta Lendava
N.K. Labod Drava Ptuj
N.K. Domžale
N.K. Primorje
N.K. Maribor
F.C. Koper
N.D. Hit Gorica
N.K. Interblock